inohilog

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日記

  • 第2回LinkedData勉強会に参加
    • http://linkeddata.jp/2011/07/02/event/
    • (NIIに初めて行ったけど普通だった)
    • テーマがSPARQLということで、SPARQL入門やヨコハマアートスポット(http://lod.ac/apps/yas/)の話
    • lod を利用した iPhone アプリの紹介
    • Bioinformatics(生物情報学?)関連のデータをRDFで管理して、SPARQL Endpointから利用するというような話
      • UniProt があるように、膨大なデータをRDFで統合管理して再利用というのは多いようだ
  • RDF Engine、TripleStore の話が後半でてきた

スライドとか

  • 以降メモ
[lodjp_2011_07_23]

* SPARQL
- グラフモデル用クエリ言語
-- グラフパターン
- XML, JSON 1.1

- リソースはURI/IRI, Blank node
- ノード: URI/IRI, Literal, Blank node
- リンク: URI/IRI
-- (http://ja.wikipedia.org/wiki/Internationalized_Resource_Identifier)

>>
PREFIX dbpedia: <http://dbpedia.org/resource>
PREFIX dbpedia-owl: <http://dbpedia.org/ontology>

SELECT ?country
WHERE {
  dbpedia:Tokyo dbpedia-owl:country ?country.
}
<<

Plain Literal と xsd:string は将来的におなじになる

** SPARQL 1.0
- R
-- SELECT, ASK(return: yes/no), CONSTRUCT, DESCRIBE

>>
SELECT *
WHERE {
 ?s ?p ?o .
}
LIMIT 100
OFFSET 100
<<

- Default Graph
- Named Graph

- GRAPH <URI> で明示的にリソースをどこから取ってくるか指定できる
-- GRAPH ?g

** SPARQL 1.1
- CUR
-- INSERT, UPDATE, DELETE, LOAD, DROP
-- COUNT, MAX, MIN
-- Property path, Aggregates, Conditions, Numeric Functions, String Functions, Subqueries, Federated queries

- Property Path
-- 正規表現のサポート

- SPARQL Endpoints
-- http://www.w3.org/wiki/SparqlEndpoints
-- http://ckan.net/group/lodcloud

- site/sparql?query=

** RDF Engine
- http://virtuoso.openlinksw.com/
- http://www.ontotext.com/owlim
- http://www.systap.com/bigdata.htm
- http://4store.org/
- http://factforge.net/

- http://semanticweb.org/wiki/Category:RDF_store

* lodac
- http://lod.ac

- SPARQL Endpoint interface to Python
-- http://sparql-wrapper.sourceforge.net/

- Geo-spatial indexing in OWLIM
-- http://www.ontotext.com/owlim/geo-spatial

- http://lod.ac/wiki/SPARQLスニペット

- GeoNames
-- http://www.geonames.org/

* 
- NSString.URLEncode メソッドでは不完全
-- CFURLCreateStringByAddingPercentEscape

* Allie
- ライフサイエンス統合データベースセンター
- http://allie.dbcls.jp/

- Virtuoso vs. OWLIM-SE
-- 11GB

* BioHackathon
- http://2011.biohackathon.org/
- http://hackathon3.dbcls.jp/

- UniProt の RDF化
-- 

- URI でユニークに表現 => 統合し安くなる
- データの表現方法が統一できる。構造もシンプルである
- (利点、欠点はスライドを見直したい)