何をやったかメモ

• インターンシップで何をやったかメモ（日報的な）

• 7/9（月）
  • 自己紹介ツアー，共用の計算機にアカウントを作ってもらって，仮想マシンで Ubuntu Desktop 12.04 をセットアップ
  • 用意してもらう計算用のサーバーに必要なソフトウェアやハードウェアのスペックについて相談
• 10（火）
  • 計算機，ネットワークを管理している方と相談
  • 引き続き，クライアントとして使う仮想マシンのセットアップ
• 11（水）
  • （毎週水曜日は大学のグループゼミなどに出席することにしている）
  • 夏合宿のチームミーティング（論文紹介3本，4時間('A`)ｳﾞｧｰ）
• 12（木）
  • 引き続き仮想マシンの環境構築（だいたい終わった）
  • 計算用のサーバーが準備できたということで，そちらにも環境構築
    • Ubuntu Server 12.04 をインストールしてもらったが，MySQLのパッケージが壊れているそうで，インストールに失敗する（Desktop向けのパッケージは mysql-common がおかしくて，再インストールする必要がある）
    • 昨年の夏もそんなこと（mysql-server-5.x のパッケージが壊れている）というのがあったな
• 13（金）
  • MySQL Server 5.5 (5.5.25だったかな）をソースコードからインストール．無事動いた
  • 適当にここのメモしているが，ネットワーク環境がProxyの下だったりするので，ちょっと面倒
  • ハリケーンデータ（Bill）を落としてきて，試しに走らせて帰宅

• 17（火）
  • 金曜に仕掛けたジョブは，（およそ）70,000 ファイルのうち，6,000 ファイル程度しか処理されていなくて（´・ω・｀）
  • /home がNFSになっていたのを思い出して，/usr/local/share/data というディレクトリを作って，データを一時的にそこに置くことにした
    • 展開後のファイルの削除でも，NFSだとすごく遅い
  • ハリケーンデータを再度取り込み始めたが，遅いので諦める
    • プログラムをマルチスレッド化したい
  • Mondrian OLAP 導入．おもったよりサクッと入った（MySQL のデータを見に行く設定はやっていない）
  • Protein Data Bank (http://ja.biolod.org/class/cria1u1i/PDB_Protein_Data_Bank) を落としてきて，取り込むジョブを投げて帰宅

• 木曜，金曜は対象にするデータセットについて，研究員の方々と相談できたらと考えている