support.plex.tv
なんでこれが発生するのかよくわからないけど(上記文書にも In some rare situation とある)、サーバーを止めて、Preferences.xml ファイルからいくつかの値を取り除けばよい。
最初は外部HDDが見れない(権限)、もしくは fstab でのマウントに失敗しているのかなと思ったが、関係なかった。私の環境(Ubuntu)では、/var/lib/plexmediaserver/Library/Application Support/Plex Media Server/
に Preferences.xml があった。