よく参照するのでメモ http://www.w3.org/TR/owl-time/ http://motools.sourceforge.net/timeline/ The Time Ontology :meetingStart a :Instant ; :inDateTime :meetingStartDescription ; :inXSDDateTime 2006-01-01T10:30:00-5:00 . :meetingStartDescrip…

国際会議用の論文を書いている 英語で苦労しているが，いろんな人（先生，先輩）にアドバイスを貰うと，「問題は英語ではなく，頭の中がスッキリしていないから書けないのでは」ということらしい 英語も十分問題になっているが，頭が納得していないのかな 論…

InnoDB (MySQL 5.5) への挿入（Insert）を高速にやりたい すでにいくつかのテクニックは使っている バイナリログ出力の無効化（log_bin） 二重書き込みの無効化（sikp-innodb-doublewrite） Isolation level の設定（READ COMMITTED もしくは，READ UNCOMMIT…

研究室の共用サーバーで tmux を使いたい（root 権限持ってない） ここを参考に，libevent と ncurses を $HOME/bin に作って，configure まで上手くいったが，make で失敗する 非root権限でHOMEにtmuxを入れた tmux 使えるとうれしいが，より優先しないとい…

定期的に，コンピュータのような人間が創りだしたものについて研究するというのは，あんまりおもしろくないのではないかと考えることがある 宇宙，医学，生物，気象などなど，自然科学？を研究したほうが面白そうな感じがする 誰も仕組みを知らないことだし…

Facebook Graph API を用いて，Rails なサービスから認証済みのユーザーのfeedに投稿したい これまで既に動いていて，今年の7-8月あたりのAPIの更新で動かなくなっていたっぽい 最近は，Koala（https://github.com/arsduo/koala）と呼ばれる，主にFacebook投…

そういえば，TextMate2 がオープンソースになっていたんだった https://github.com/textmate/textmate Mac でしか使えないのが残念 オープンソースなんだからLinuxで動くようにするとか考えればいいんですかね Theme のディレクトリ ~/Library/Application S…

論文執筆 徐々に進み始めてはいるが，なかなか増えない 先週の金曜日には先生に送りたかったが，全然そんなレベルではない 手法をひと通り書いた．関連研究をひと通り書いた．まとめと今後の課題をひと通り書いた References を bibtex を使って管理するよう…

この1週間くらい 英語論文を書かないといけない 書きたくないわけではなくて，書きたい．でも書けない( ；∀；) "英語論文によく使う表現" という書籍を研究室のM2の人に教えてもらってので，マーケットプレイスで購入 英語論文によく使う表現作者: 崎村耕二…

情報の，コンピュータではなくて自分による処理 最近は，主に Twitter でいろいろな情報を得る 他には，はてブ（ホットエントリー，マイホットエントリー），最近使い始めたのは Gunosy RSS Reader として，Google Reader にフィードをたくさん登録している…

Technology that can be able to understand meanings of stuff. Technology makes it possible to understand meanings of stuff. Technology that can be able to get across the meanings of stuff. Technology that could be enable to understand meani…

気がついたら10月が終わってる... 1年前まで常用してた MacBook Pro をディスプレイ，マウス，キーボードとつなげて，デスクトップPCっぽく使うようにしてみた．快適 開発系の作業はなかなか出来ないけど（今使ってるMBPに全部移行しているので），メールと…

complement with an architecture which you want to use i386, x86_64 ISO file http://ftp.tsukuba.wide.ad.jp/Linux/centos/6.3/isos/{i386,x86_64} netinstall URI http://ftp.tsukuba.wide.ad.jp/Linux/centos/6.3/os/{i386,x86_64}

oauth-ruby https://github.com/oauth/oauth-ruby v0.4.5 では動いていたコードが，0.4.7 にアップグレードしたら動かなくなった NoMethodError (undefined method `<=>' for :oauth_token:Symbol): oauth (0.4.7) lib/oauth/helper.rb:37:in `<=>' oauth (0…

特定のファイルやディレクトリを監視して，変更等を監視して何かアクションを起こしたいということがたまにある rspec のテストを記述している時は，ZenTest gem を使うことで，spec ディレクトリ以下の変更を検出して，勝手にテストを走らせ直すとかが可能 …

'mysql' とか 'aptitude' とかを打つと，”zsh: correct 'aptitude' to '.aptitude' [nyae]?” みたいに訂正するかと聞いてくれることがある これを止めてもらうには，.zshrc とかに nocorrect を使った alias を書く alias aptitude = 'nocorrect aptitude' a…

週の頭から授業をすっぽかしたり レポートを書いて提出x2 なかなか書くのが難しかったメールを書いて送るなど 難しくないけど優先順位が低かったタスクをやっと終わらせた などなど，細かいけど面倒なタスクがやっと片付き始めた それでも，片付けても毎週発…

近状 専攻のセミナーは無事終わった．既に1週間以上経っている（10/11） 大企業に就職した先輩（研究室OB）が研究室に来て，就活について話した "企業に入って何をやりたいか明確になっていた為，数社しか受けなかった" その企業がどうこうというわけではな…

専攻のセミナーの準備をしている．明日発表 いろいろ他のタスクをブロックして進めていたので，終わったら別の事を色々やらないと これまでやってきたことなので発表資料（スライド，レジュメ）は割りと苦労せずに作れた 国際会議に論文を投稿したい 投稿し…

専攻セミナーへの準備をやってる レジュメを書き上げて先生のチェックをもらった．修正箇所が少なくて嬉しかった．最終確認中 グループゼミで発表練習もやった 授業課題等 論文を読んで，まとめて発表系の授業がつらい あれもこれも知りたい（勉強したい）と…

研究室の合宿ゼミが終わった 準備に非常に苦労した研究室の合宿ゼミが終わった 昨年同様，学生が３つのグループにわかれて，自分の研究に関係あることについて調べて（もしくは実装して），それぞれまとめたものを発表 私は gSpan と呼ばれる，頻出部分グラ…

iPhone4 を使っているが，24ヶ月で端末代を払うというのが終わったので，そろそろ別の端末にしようかなと考えている 次は Android かなと思っているが，次の2つで迷う: Xperia GX, Galaxy SIII どちらかと言えば Xperia GX か キャリアを変えるのが多少面倒…

最近やったこと 研究室ゼミ（だいたい年に１回）でプレゼンテーションした。内容はインターンシップについて。割りとうまできたと思う。 単位取得状況がアレなので、二学期は割りと頑張らないとまずい。とりあえず10単位くらいは... これからやること 専攻の…

数日経ってしまったが，インターンシップ最終週にやったことメモ 27日（月） SemanticJson を頑張って取り扱うコードを書いていた 28日（火） SemanticJson で，あるクラスのインスタンスを，特定のPredicateで再帰的にルックアップするコードを書いていた 2…

20日（月） 研究所が休業（強制）だったので、研究室へ行ってゼミへ出る 21日（火） ゼミ合宿のスライド修正 gSpan が難しくて理解が追いつかない... orz（それでもだいぶ理解できてきた） 22日（水） ゼミ合宿チームミーティング、発表練習 23日（木） 研究…

16日（木） Leaf と、Target_gene でリンクしている Tair_gene_model を同じDBに用意して、スキーマを記述。Sample, Treatment も次元として扱うようにした 現状のものを見せて簡単にミーティング 何か一つ分析した結果とそこから得られた知見を探そうという…

13日（月） Leaf と、それへリンクする Tiling Array Analysis Results、さらに Analysis Results が Target_gene でリンクする遺伝子情報を準備する 14日（火） Target_gene のリンク先、tair_gene_model は別のDBに準備した 複数DBからデータを引っ張って…

USE `leaf`; CREATE OR REPLACE VIEW `leaf`.`analysis_results_integrated` AS SELECT t6.subject, t6.Target_gene, t6.label, t6.Expression_profile as Expression_profile, t7.experiment_stress, t7.experiment_tissue, t7.Median, t7.label as t7_labe…

6日（月） （体調悪かった） ２日（金）に、Tiling Array Analysis Results からいくつかの部位の実験結果を取り込み、OLAP 可能な状態にしたが、Treatment と Sample の軸しかないため全然使い物にならない状態 各データベース間の関係等がいまいち理解出来…

Mac で使えるランチャー Alfred を愛用しています カスタム検索も簡単に作れて良い いまは "r hoge" と打つと，るりまサーチ（http://rurema.clear-code.com/），"alc hoge" とうつと，Space ALC（http://www.alc.co.jp/）を検索するように設定してある 複数…