Visual Studio 2008 ではネストしたマスタページがサポート
Visual Studio 2008だとマスタページのネストがサポートされるとか。というか、デザイナでの話かな?2005でもネストが出来たかどうか良く覚えてないんですけど、2008だとデザイナでもサポートされますよってことらしい。
VS 2008 Nested Master Page Support
http://weblogs.asp.net/scottgu/archive/2007/07/09/vs-2008-nested-master-page-support.aspx